Les difficultés rencontrées lors du percement du  souterrain de Bête Refaite ainsi que les problèmes d’alimentation causés par l’infiltration de l’eau joints aux nombreuses modifications apportées aux ponts, aqueducs et divers ouvrages d’art poussèrent la société concessionnaire à introduire une réclamation auprès du gouvernement visant à obtenir le paiement d’une forte indemnité pour les travaux extraordinaires entrepris. Travaux pour lesquels le roi Guillaume avait accordé, on s’en souvient, une avance de 200.000 florins. Le Ministre de l’Intérieur, TEICHMAN, statuant sur cette réclamation, institua, par arrêté du 31 août 1831, une commission composée de VIFQUAIN, Inspecteur des Ponts et Chaussées, DE MOOR, Ingénieur en chef de la Province du Hainaut et ROGET, Ingénieur en chef de la Province de Brabant. Cette commission fut chargée de relever quels étaient les travaux exécutés :

1° par la suite d’autorisation de l’Administration et qui n’étaient pas compris aux devis et cahier des charges;

2° sans autorisation de l’Administration et qui néanmoins étaient reconnus indispensables pour atteindre le but proposé par la construction du canal;

3° ceux que la concession avait fait exécuter, soit dans son intérêt privé, soit pour son utilité, mais qui n’étaient pas nécessaires à la navigation;

4° les travaux stipulés au devis, qui, par des causes IMPREVOYABLES (sic), avaient nécessité, pendant leur construction, des changements ou des moyens d’exécution autres que ceux prévus au devis;

5° les dimensions et la valeur des terrains ou bâtiments dont l’acquisition était imprévue et avait été nécessitée pour parvenir à l’établissement du canal.

La commission entama ses travaux le 12 septembre 1831 et présenta son rapport le 8 novembre suivant. Elle conclut qu’une somme de 486.692 florins devait être allouée aux concessionnaires à titre d’indemnité “pour les travaux imprévus et imprévoyables, exécutés ou devant l’être, et qui n’avaient été ni calculés dans le devis ni indiqués dans les plans quoiqu’ils fussent commandés par l’exécution du canal et d’une nécessité absolue”.